デフォルトテンプレートを使用する想定でテンプレートファイルのありかは以下の3か所

app/template/default/
src/Eccube/Resource/template/default/
app/plugin/[プラグイン名]/Resource/template/

以下のように対応することで編集が可能です。

まずは、トップ画面のテンプレートが何処に有るかなのですが、以下の箇所に設置されています。
/src/Eccube/Resource/template/default/
 
しかし、ここを直接いじるやり方ではダメです。
以前に行った【3.0.10 → 3.0.11】 EC-CUBE3のバージョンアップでは「src」フォルダの全てを上書きしました。
今回の方法だとバージョンアップを行うたびにテンプレートの変更内容が初期化されてしまいます。

そのため、まずはテンプレートフォルダの中から変更したいファイルを特定します。
次に、対象ファイルを以下のフォルダに設置します。
/app/template/default/
※ 変更ファイルを設置する場合、「default」以下のフォルダ構成ごとコピーする必要があります。
 
これだけで変更内容の反映させることが出来るようになります。
試しに変更を加えてみましたが問題無く対応出来ます。
 
実際には、バージョンアップ時にテンプレートが変更される場合、デザイン変更部分も追随する必要はあります。
この辺はバージョンアップを行うと決めた以上仕方がないことですけどね。
 
 
なお、テンプレート情報は他にもプラグイン用の内容が以下の様な形で存在するようです。
 /app/plugin/<プラグイン名]>/Resource/template/